У меня есть кадр данных, который я dcast
ing с помощью пакета reshape2
, и я хотел бы удалить первый столбец и вместо него стать именами строк фрейма данных.
Исходный фрейм данных перед dcast
:
> corner(df)
ID_full gene cpm
1 S36-A1 DDX11L1 0
2 S36-A1 WASH7P 0
3 S36-A1 MIR1302-2 0
4 S36-A1 FAM138A 0
5 S36-A1 OR4F5 0
pivot
функция для dcast таблицы:
library(reshape2)
pivot <- function(x){
castTable <- x %>% dcast(ID_full ~ gene, value.var="cpm")
}
После dcast
, завернутый в мою функцию pivot
:
> corner(df)
ID_full 1060P11.3 A1BG A1BG-AS1 A1CF
1 S36-A1 0 0 0 0
2 S36-A10 0 0 0 0
3 S36-A11 0 0 0 0
4 S36-A12 0 0 0 0
5 S36-A2 0 0 0 0
Я хотел бы, чтобы ID_full стал именами розеток и прекратил существование в качестве столбца, который был отправлен после dcasting
. Я могу сделать это в нескольких строках, каждый раз заменяя кадр данных, но я хотел бы сделать все это с помощью оператора %>%
.
Лучшая попытка, которую я могу придумать, будет включать в себя нечто подобное, но, очевидно, это не работает:
library(dplyr)
df <- df %>% pivot(.) %>% with(., row.names=df[,1])
Буду признателен за любые предложения... эта неприятность сводит меня с ума!
UPDATE:
Спасибо за ваши ответы:
Это выражение прекрасно работает:
df <- df %>% pivot(.) %>% `rownames<-`(.[,1]) %>% select(-ID_full)
> corner(df)
1060P11.3 A1BG A1BG-AS1 A1CF A2M
S36-A1 0 0 0 0 0.00000
S36-A10 0 0 0 0 0.00000
S36-A11 0 0 0 0 0.00000
S36-A12 0 0 0 0 1.62189
S36-A2 0 0 0 0 1170.95000