Как выполнить команды bash из C?

Есть ли способ запустить утилиты командной строки, например gzip, в приложение C?

Использовать system():

#include <stdlib.h>
int status = system("gzip foo");

См. Справочную страницу (man 3 system) для получения более подробной информации о том, как ее использовать.