У меня есть два приложения.
Один объявляет разрешение и имеет один Activity:
Часть AndroidManifest.xml
<application
    android:icon="@drawable/ic_launcher"
    android:label="@string/app_name"
    android:permission="your.namespace.permission.TEST" >
    <activity
        android:name=".DeclaringPermissionActivity"
        android:label="@string/app_name" >
        <intent-filter>
            <action android:name="android.intent.action.MAIN" />
            <category android:name="android.intent.category.LAUNCHER" />
        </intent-filter>
        <intent-filter> 
         <action android:name="android.intent.action.VIEW" /> 
         <category android:name="android.intent.category.DEFAULT" /> 
         <category android:name="android.intent.category.BROWSABLE" /> 
         <data android:scheme="myapp"
             android:host="myapp.mycompany.com" /> 
        </intent-filter> 
    </activity>
</application>
Второе объявляет, что использует разрешение
Часть AndroidManifest.xml
<uses-sdk android:minSdkVersion="10" />
<uses-permission android:name="your.namespace.permission.TEST" />
<application
Часть Activity:
public void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
    super.onCreate(savedInstanceState);
    setContentView(R.layout.main);
    startActivity(new Intent(Intent.ACTION_VIEW, Uri.parse("myapp://myapp.mycompany.com/index")));
}
Я устанавливаю приложение, объявляющее разрешение, затем запускаю второе приложение.
В результате я получаю исключение безопасности:
 01-11 09:46:55.249: E/AndroidRuntime(347): java.lang.RuntimeException: Unable to start activity ComponentInfo{your.namespace2/your.namespace2.UsingPErmissionActivity}: java.lang.SecurityException: Permission Denial: starting Intent { act=android.intent.action.VIEW dat=myapp://myapp.mycompany.com/index cmp=your.namespace/.DeclaringPermissionActivity } from ProcessRecord{407842c0 347:your.namespace2/10082} (pid=347, uid=10082) requires your.namespace.permission.TEST