Хотя java.util.properties позволяет читать и записывать свойства файла, запись не сохраняет форматирование. Не удивительно, потому что он не привязан к файлу свойств.
Есть ли класс PropertyFile - или какой-то такой - который сохраняет комментарии и пустые строки и обновляет значения свойств на месте?