Диаграммы Венна с R?

Существуют ли другие пакеты для создания диаграмм Венна в R, кроме пакета limma?

У кого-нибудь есть советы?

Вот некоторые заметки о создании диаграмм Венна с пакетами limma.

ОТВЕТЫ

Ответ 3

Доступный пакет на R-forge.

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(c("graph", "RBGL", "gtools", "xtable"))
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org")

Venn diagram

Ответ 4

Функция venn в пакете gplots также полезна, если вам нужно создать Venn Diagram из 4/5 наборов.

Ответ 5

Я использую две пользовательские функции для трюка. Моя реализация venndia отображает диаграмму venn и возвращает списки перекрытий между A и B (и C). См. Код ниже.

С их помощью вы можете

vd <- venndia(A=LETTERS[1:15], B=LETTERS[5:20], getdata=TRUE)

который будет отображать и возвращать данные. вы можете отключить возврат данных, выполнив

venndia(A=LETTERS[1:15], B=LETTERS[5:20])

поскольку по умолчанию getdata FALSE. /Daniel 

circle <- function(x, y, r, ...) {
    ang <- seq(0, 2*pi, length = 100)
    xx <- x + r * cos(ang)
    yy <- y + r * sin(ang)
    polygon(xx, yy, ...)
}

venndia <- function(A, B, C, getdata=FALSE, ...){
    cMissing <- missing(C)
    if(cMissing){ C <- c() }

    unionAB <- union(A, B)
    unionAC <- union(A, C)
    unionBC <- union(B, C)
    uniqueA <- setdiff(A, unionBC)
    uniqueB <- setdiff(B, unionAC)
    uniqueC <- setdiff(C, unionAB)
    intersAB <- setdiff(intersect(A, B), C)
    intersAC <- setdiff(intersect(A, C), B)
    intersBC <- setdiff(intersect(B, C), A)
    intersABC <- intersect(intersect(A, B), intersect(B, C))

    nA <- length(uniqueA)   
    nB <- length(uniqueB)
    nC <- length(uniqueC)

    nAB <- length(intersAB)
    nAC <- length(intersAC)
    nBC <- length(intersBC)

    nABC <- length(intersABC)   

    par(mar=c(2, 2, 0, 0))
    plot(-10, -10, ylim=c(0, 9), xlim=c(0, 9), axes=FALSE, ...)
    circle(x=3, y=6, r=3, col=rgb(1,0,0,.5), border=NA)
    circle(x=6, y=6, r=3, col=rgb(0,.5,.1,.5), border=NA)
    circle(x=4.5, y=3, r=3, col=rgb(0,0,1,.5), border=NA)

    text( x=c(1.2, 7.7, 4.5), y=c(7.8, 7.8, 0.8), c("A", "B", "C"), cex=3, col="gray90" )

    text(
        x=c(2, 7, 4.5, 4.5, 3, 6, 4.5), 
        y=c(7, 7, 2  , 7  , 4, 4, 5), 
        c(nA, nB, nC, nAB, nAC, nBC, nABC), 
        cex=2
    )

    if(getdata){
        list(A=uniqueA, B=uniqueB, C=uniqueC, 
            AB=intersAB , AC=intersAC , BC=intersBC , 
            ABC=intersABC
        )
    }
}

Ответ 6

Это происходит очень поздно, но может быть полезно для других, которые ищут ответ: VennDiagram, на CRAN здесь.

Он позволяет несколько наборов (четыре набора для venn, 3 набора для диаграмм Эйлера), настраиваемые цвета и шрифты, простой синтаксис и, самое главное, размер кругов, пропорционально размеру наборов данных (по крайней мере, когда сравнение 2 наборов данных). Чтобы установить:

install.packages("VennDiagram")
library(VennDiagram)

Для тех, кто использует пакеты биокондукторов и работает с геномными координатами, недавно vennDiagram был реализован в пакете ChIPpeakAnno (версия 2.5.12) и позволяет довольно пересекать геномные координаты, например, пиков Chip-seq. Для ранних пользователей вам может потребоваться установить пакет разработки.

peaks1 = RangedData(IRanges(start = c(967654, 2010897, 2496704),
    end = c(967754, 2010997, 2496804), names = c("Site1", "Site2", "Site3")),
    space = c("1", "2", "3"), strand=as.integer(1),feature=c("a","b","f"))

peaks2 = RangedData(IRanges(start = c(967659, 2010898,2496700,3075866,3123260),
    end = c(967869, 2011108, 2496920, 3076166, 3123470),
    names = c("t1", "t2", "t3", "t4", "t5")),
    space = c("1", "2", "3", "1", "2"), strand = c(1, 1, -1,-1,1), feature=c("a","b","c","d","a"))

makeVennDiagram(RangedDataList(peaks1,peaks2, peaks1, peaks2), NameOfPeaks=c("TF1", "TF2","TF3", "TF4"),
     totalTest=100,useFeature=TRUE, main="Venn Diagram",
    col = "transparent",fill = c("cornflowerblue", "green", "yellow", "darkorchid1"),
    alpha = 0.50,label.col = c("orange", "white", "darkorchid4", "white", "white", "white", "white", "white", "darkblue", "white", "white", "white", "white", "darkgreen", "white"), cat.col = c("darkblue", "darkgreen", "orange", "darkorchid4"))

Ответ 8

Я бы порекомендовал пакет VennDiagram: http://cran.r-project.org/web/packages/VennDiagram/VennDiagram.pdf

На пачке 19 вы найдете 10 папок очень хороших примеров (как продвинутых, так и упрощенных). На данный момент я не нашел ничего, что не может сделать, что мне нужно.