Один из способов - создать новую таблицу с столбцом AUTO_INCREMENT вместо исходного столбца, вставив все данные из старого в новую таблицу, а затем переименовав новое и удалив старый.
Другим способом является запуск вашего запроса на обновление с переменной MySQL, которая генерирует все большее число для каждой строки (для эмуляции функции ROW_NUMBER() найденных в других СУБД).