Java Decompiler (JD) обычно рекомендуется как хороший, ну, декомпилятор Java. JD-Eclipse - это плагин Eclipse для JD.
У меня были проблемы на нескольких разных машинах, чтобы запустить плагин. Всякий раз, когда я пытался открыть файл .class, стандартный редактор "Source not found" показывал бы, показывая дизассемблирование байт-кода на низком уровне, а не исходный вывод Java, который вы ожидаете от декомпилятора.
Документация по установке в http://java.decompiler.free.fr/?q=jdeclipse не плохая, но довольно неопределенная, когда дело доходит до устранения неполадок.
Открытие этого вопроса для сбора дополнительной информации: с какими проблемами вы столкнулись до того, как JD работал в Eclipse Helios? Каково было решение?