Conda - Как установить пакеты R, которые недоступны в "R-essentials"?

Я использую установленную Anaconda установку для работы с Python. Теперь я прочитал, что в этой установке можно также "включить" мир R и использовать ядро IR в ноутбуке Jupyter/Ipython.

Я нашел команду установить несколько известных пакетов R: conda install -c r r-essentials

Мой вопрос начинающего:

Как установить пакеты R, которые не включены в пакет R-essential? Например, R-пакеты, доступные в CRAN. "pip" работает только для пакетов PyPI Python, не так ли?

Ответ 1

Теперь я нашел документацию:

Это документация, которая объясняет, как создавать пакеты R, доступные только в репозитории CRAN: https://www.continuum.io/content/conda-data-science

Перейдите в раздел "Построение пакета conda R".

(Подсказка: если пакет R доступен в anaconda.org, используйте этот ресурс. https://www.continuum.io/blog/developer/jupyter-and-conda-r)

Ответ

alistaire - это еще одна возможность добавить пакеты R:

Если вы устанавливаете пакеты из R через обычные install.packages(из зеркал CRAN) или devtools:: install_github (из GitHub), они работают нормально. @alistaire

Как это сделать: Откройте свою независимую установку R, затем запустите команду follwing:

install.packages("png", "/home/user/anaconda3/lib/R/library")

чтобы добавить новый пакет в правильную библиотеку R, используемую Jupyter, иначе пакет будет установлен в /home/user/R/i 686-pc-linux-gnu-library/3.2/png/libs, упомянутом в .libPaths().

Ответ 2

Чтобы установить другие R-пакеты на Jupyter за рамки R-essentials

install.packages('readr', repos='http://cran.us.r-project.org')

Одна проблема заключается в том, что конкретный репозиторий - это US.R-Project (как показано ниже). Я пробовал другие, и это не сработало.

N.B. Замените readr на любое требуемое имя пакета для установки.

Ответ 3

Я нашел легкое обходное решение. Я полагаю, что у вас есть RStudio IDE для вас. Странно использовать RStudio для этого, но я пробовал прямо с R в моем терминале, и это не сработало. Итак, в консоли RStudio просто добавьте путь к вашему каталогу anaconda (в OSX, '/Users/yourusernamehere/anaconda/lib/R/library')

Итак, например,

install.packages('package','/Users/yourusernamehere/anaconda/lib/R/library')

Мне стыдно выкладывать такой непривлекательный ответ, но это единственный, который работал у меня.

Ответ 4

У меня возникла проблема при попытке установить пакет из github с помощью install_github("user/package") в conda с r-essentials. Ошибки были множественными и не описательными.

Удалось решить проблему, используя следующие шаги:

загрузить и распаковать пакет локально
активировать правильную среду conda (если требуется)
запустить R из командной строки
library(devtools)
install('/path/to/unzipped-package')
Сбой команды из-за отсутствующих зависимостей, но теперь я знаю, что пропало!
запустить install.packages('missing-package', repos='http://cran.us.r-project.org') для всех зависимостей
запустите install('/path/to/unzipped-package') снова. Теперь это должно сработать!

Ответ 5

Кто-то предложил не столь изящный способ обойти его, но какой изящный, пока он работает.

install.packages( 'пакет', '/Users/yourusernamehere/Анаконда/Library/R/библиотека')

Я потратил почти все утро на поиск ответа на эту проблему. Я смог установить библиотеки на RStudio, но не на Jupyter Notebook (у них разные версии R). Это решение почти "сработало", просто я обнаружил, что Jupyter Notebook пытается установить его в другой каталог, и он будет сообщите, какой каталог. Так что я только изменил это, и это сработало как прелесть... благодаря Днежному

Ответ 6

Установите rpy2 с помощью conda и добавьте следующую строку в свой ноутбук Jupyter.

%load_ext rpy2.ipython

В следующих фрагментах вы можете просто запустить любой r-код, указав% R

Ниже мой любимый метод установки и/или загрузки пакета r

%R if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
%R pacman::p_load(dplyr, data.table, package3, package4)

аргумент p_load будет установить + загрузить пакет , если он не находится в вашем lib, иначе он просто загрузит его.

Ответ 7

Я попытался установить R-пакеты ggplot2, tidyverse и т.д., используя стандартные консоли CRAN-репозитории и столкнулся с несколькими проблемами и проблемами.

Все, от неиспользуемых файлов "init.tcl" до строки из 15 символов. Я смог подробно ознакомиться с сайтом Conda и WWW.Anaconda.org. Это установленные R-пакеты в архитектуре каталога Anaconda, которые исполнялись в R в терминальной среде RStudio и R в Jupyter Notebooks Anaconda Navigator.

например: conda install -c r r-tidyverse Очень просто и сработало в первый раз. [На Kubuntu 17.04 с Anaconda Navigator 1.6.2; R версии 3.3.2 (2016-10-31)]