При возникновении проблемы, подобной этому вопросу, я начал задаваться вопросом, почему мы явно вызываем setIntent при переопределении onNewIntent и почему этот код не является 't выполняется уже super.onNewIntent.
@Override
public void onNewIntent(Intent intent)
{
super.onNewIntent(intent);
// Why isn't this performed by the framework in the line above?
setIntent(intent);
}