Jboss Hibernate ничего не говорит о поддержке SQLite -
https://community.jboss.org/wiki/SupportedDatabases2
И то же самое упоминается ниже SO:
Можете ли вы остановиться на этом. Я хочу использовать встроенный SQLite с hibernate для рабочего стола swing.
Я также оцениваю Derby (JavaDB), поскольку он также может быть встроен и является частью jdk.