Вот иллюстрация проблемы (протестирована в Firefox и Chrome):
<div style="background-color: red;"><svg height="100px" width="100" style="background-color: blue;"></svg></div>
Обратите внимание на дополнительное пространство red внутри div ниже синего svg.
Уже пробовал настройку padding и margin обоих элементов на 0, но не повезло.