Я работал некоторое время с большим количеством файлов, содержащих данные экспрессии генов, и недавно я столкнулся с проблемой загрузки этих данных в R после обновления до R 3.5.0. После использования около 8 ГБ памяти (мой Mac имеет 16 ГБ ОЗУ), если я попытаюсь прочитать в другом файле, я получаю следующую ошибку:
Error: vector memory exhausted (limit reached?)
Я нашел предыдущий пост (Ошибка: исчерпана память в векторе (ограничение достигнуто?)), Предлагая, чтобы я попытался установить переменную окружения R_MAX_VSIZE на более высокое значение, поэтому я попробовал следующее:
Sys.setenv(R_MAX_VSIZE = 16e9)
Тем не менее, я по-прежнему получил ту же ошибку. Я не устанавливаю экологическую переменную правильно? есть что-то, что мне не хватает?
Информация о сеансе:
R version 3.5.0 (2018-04-23)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS High Sierra 10.13.5
Matrix products: default
BLAS: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRlapack.dylib
locale:[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages: [1] data.table_1.11.4
loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.5.0 tools_3.5.0