Я только начал изучать питон, и здесь у меня есть отсортированный список белковых последовательностей (всего 59 000 последовательностей), а некоторые из них перекрываются. Например, я сделал список игрушек:
ABCDE
ABCDEFG
ABCDEFGH
ABCDEFGHIJKLMNO
CEST
DBTSFDE
DBTSFDEO
EOEUDNBNUW
EOEUDNBNUWD
EAEUDNBNUW
FEOEUDNBNUW
FG
FGH
Я хотел бы удалить эти более короткие перекрытия и просто сохранить самый длинный, так что желаемый результат будет выглядеть так:
ABCDEFGHIJKLMNO
CEST
DBTSFDEO
EAEUDNBNUW
FEOEUDNBNUWD
FGH
Как мне это сделать? Мой код выглядит так:
with open('toy.txt' ,'r') as f:
pattern = f.read().splitlines()
print pattern
for i in range(0, len(pattern)):
if pattern[i] in pattern[i+1]:
pattern.remove(pattern[i])
print pattern
И я получил сообщение об ошибке:
['ABCDE', 'ABCDEFG', 'ABCDEFGH', 'ABCDEFGHIJKLMNO', 'CEST', 'DBTSFDE', 'DBTSFDEO', 'EOEUDNBNUW', 'EAEUDNBNUW', 'FG', 'FGH']
['ABCDEFG', 'ABCDEFGH', 'ABCDEFGHIJKLMNO', 'CEST', 'DBTSFDE', 'DBTSFDEO', 'EOEUDNBNUW', 'EAEUDNBNUW', 'FG', 'FGH']
['ABCDEFG', 'ABCDEFGHIJKLMNO', 'CEST', 'DBTSFDE', 'DBTSFDEO', 'EOEUDNBNUW', 'EAEUDNBNUW', 'FG', 'FGH']
['ABCDEFG', 'ABCDEFGHIJKLMNO', 'CEST', 'DBTSFDE', 'DBTSFDEO', 'EOEUDNBNUW', 'EAEUDNBNUW', 'FG', 'FGH']
['ABCDEFG', 'ABCDEFGHIJKLMNO', 'CEST', 'DBTSFDEO', 'EOEUDNBNUW', 'EAEUDNBNUW', 'FG', 'FGH']
['ABCDEFG', 'ABCDEFGHIJKLMNO', 'CEST', 'DBTSFDEO', 'EOEUDNBNUW', 'EAEUDNBNUW', 'FG', 'FGH']
['ABCDEFG', 'ABCDEFGHIJKLMNO', 'CEST', 'DBTSFDEO', 'EOEUDNBNUW', 'EAEUDNBNUW', 'FG', 'FGH']
['ABCDEFG', 'ABCDEFGHIJKLMNO', 'CEST', 'DBTSFDEO', 'EOEUDNBNUW', 'EAEUDNBNUW', 'FGH']
Traceback (most recent call last):
File "test.py", line 8, in <module>
if pattern[i] in pattern[i+1]:
IndexError: list index out of range