Я вошел в странную проблему. При попытке заменить точку на числовом вводе вместо замены только этой точки он очищает весь ввод.
$("[data-input-payment-id]").on("keyup", function(e) {
var test_value = $(this).val().replace(/\./g, "");
$(this).val(test_value);
});
<script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.1/jquery.min.js"></script>
<input type="number" data-input-payment-id="12">