Сохранить рисунок Matplotlib как TIFF

Кто-нибудь знает, как сохранить фигуру Matplotlib как *.tiff? Кажется, что этот формат не поддерживается в Python, в то время как журналы довольно часто просят об этом формате.

Я добавляю минимальный код:

# -*- coding: utf-8 -*-

from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

# fig setup
fig = plt.figure(figsize=(5,5), dpi=300)
ax = fig.gca(projection='3d')
ax.set_xlim([-1,1])
ax.set_ylim([-1,1])
ax.set_zlim([-1,1])
ax.axes.xaxis.set_ticklabels([])
ax.axes.yaxis.set_ticklabels([])
ax.axes.zaxis.set_ticklabels([])

# draw a surface
xx, yy = np.meshgrid(range(-1,2), range(-1,2))
zz = np.zeros(shape=(3,3))
ax.plot_surface(xx, yy, zz, color='#c8c8c8', alpha=0.3)
ax.plot_surface(xx, zz, yy, color='#b6b6ff', alpha=0.2)

# draw a point
ax.scatter([0],[0],[0], color='b', s=200)

Это работает:

fig.savefig('3dPlot.pdf')

Но это не так:

fig.savefig('3dPlot.tif')

Ответ 1

Это здорово! Спасибо ot Мартин Эванс. Тем не менее, для тех, кто хотел бы сделать это в Python3.x, небольшие исправления (поскольку модуль cStringIO недоступен, и я предпочел бы использовать BytesIO)

# -*- coding: utf-8 -*-

from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

from PIL import Image
from io import BytesIO

# fig setup
fig = plt.figure(figsize=(5,5), dpi=300)
ax = fig.gca(projection='3d')
ax.set_xlim([-1,1])
ax.set_ylim([-1,1])
ax.set_zlim([-1,1])
ax.axes.xaxis.set_ticklabels([])
ax.axes.yaxis.set_ticklabels([])
ax.axes.zaxis.set_ticklabels([])

# draw a point
ax.scatter([0],[0],[0], color='b', s=200)

# save figure
# (1) save the image in memory in PNG format
png1 = BytesIO()
fig.savefig(png1, format='png')

# (2) load this image into PIL
png2 = Image.open(png1)

# (3) save as TIFF
png2.save('3dPlot.tiff')
png1.close()

Ответ 2

В качестве обходного пути ничто не помешает вам использовать пакет Python PIL для сохранения изображения в формате TIFF:

# -*- coding: utf-8 -*-

from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

from PIL import Image
import io

# fig setup
fig = plt.figure(figsize=(5,5), dpi=300)
ax = fig.gca(projection='3d')
ax.set_xlim([-1,1])
ax.set_ylim([-1,1])
ax.set_zlim([-1,1])
ax.axes.xaxis.set_ticklabels([])
ax.axes.yaxis.set_ticklabels([])
ax.axes.zaxis.set_ticklabels([])

# draw a surface
xx, yy = np.meshgrid(range(-1,2), range(-1,2))
zz = np.zeros(shape=(3,3))
ax.plot_surface(xx, yy, zz, color='#c8c8c8', alpha=0.3)
ax.plot_surface(xx, zz, yy, color='#b6b6ff', alpha=0.2)

# draw a point
ax.scatter([0],[0],[0], color='b', s=200)

#fig.savefig('3dPlot.pdf')

# Save the image in memory in PNG format
png1 = io.BytesIO()
fig.savefig(png1, format="png")

# Load this image into PIL
png2 = Image.open(png1)

# Save as TIFF
png2.save("3dPlot.tiff")
png1.close()

Если используется Python 2.x, используйте cStringIO вместо BytesIO следующим образом:

import cStringIO

# Replace the BytesIO() call with
png1 = cStringIO.StringIO()

Ответ 3

Matplotlib поддерживает tif начиная с версии 1.1, но поддержка не является обязательной и не очевидна. Пока у вас установлена подушка, вы можете сохранять в tif, как вы можете сохранить в любом другом формате. Таким образом, ваш пример будет просто:

# -*- coding: utf-8 -*-

from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import PIL # not necessary but mustn't fail

# fig setup
fig = plt.figure(figsize=(5,5), dpi=300)
ax = fig.gca(projection='3d')
ax.set_xlim([-1,1])
ax.set_ylim([-1,1])
ax.set_zlim([-1,1])
ax.axes.xaxis.set_ticklabels([])
ax.axes.yaxis.set_ticklabels([])
ax.axes.zaxis.set_ticklabels([])

# draw a surface
xx, yy = np.meshgrid(range(-1,2), range(-1,2))
zz = np.zeros(shape=(3,3))
ax.plot_surface(xx, yy, zz, color='#c8c8c8', alpha=0.3)
ax.plot_surface(xx, zz, yy, color='#b6b6ff', alpha=0.2)

# draw a point
ax.scatter([0],[0],[0], color='b', s=200)

fig.savefig('3dPlot.tif')