Я прочитал сравнение между ними здесь. Это в первую очередь вопрос производительности, касающийся как памяти, так и скорости.
 У меня есть несколько документов XML размером от 100 до 300 Кбайт. Я заметил, что есть некоторая задержка при загрузке этой информации в XDocument а не в объект XmlDocument.
- Есть ли серьезная разница в производительности между этими двумя объектами?
- Они по-разному обращаются к содержанию XML?
- При работе со строкой XML, что является предпочтительным, или есть разница?
 Конечное использование этих объектов - запуск запросов (в зависимости от XPath или LINQ) к рассматриваемому объекту.
