В чем преимущество использования
git archive master/foo | tar -x -C ~/destination
чтобы развернуть копию /foo vs. только копирование из рабочей копии с помощью
cp foo ~/destination/foo
Итак, если по какой-то причине вы не хотите копировать все из этой подкаталога foo в master (или в какую бы ветку вы ни работали), достаточно использовать cp для развертывания в [destination].