Подключиться к db:
public DBSource(ConnectionInfo ci) throws
        ClassNotFoundException, InstantiationException,
        IllegalAccessException, SQLException
{
    Class.forName("com.mysql.jdbc.Driver").newInstance();
    String dbPath = String.format(
        "jdbc:mysql://%s:%d/%s?user=%s&password=%s&characterEncoding=utf-8&" + 
        "useUnicode=true", ci.host, ci.port, ci.dbName, ci.user, ci.password);
    conn = java.sql.DriverManager.getConnection(dbPath);
    prepareTables();
}
Код создания таблицы:
private void prepareTables() throws SQLException
{
    java.sql.Statement stat = conn.createStatement();
    String query = "set names utf8";
    stat.execute(query);
    query = "set character set utf8";
    stat.execute(query);
    query = "show variables like '%char%'";
    stat.execute(query);
    java.sql.ResultSet rs = stat.getResultSet();
    while (rs.next())
    {
        String k = rs.getString(1);
        String v = rs.getString(2);
        System.out.println(k + " - " + v);
    }
    query = "drop table if exists clt";
    stat.execute(query);
    query = "create table clt"
            + "("
            + "  id bigint not null"
            + ", text varchar(50) not null"
            + ") default character set utf8";
    stat.execute(query);
}
Вставка строк:
public void visit(Insert i) throws SQLException
{
    String query = "insert into clt"
            + " (id, text) values (?, ?)";
    java.sql.PreparedStatement stmt = conn.prepareStatement(query);
    if (i.rowData.id == 12656697)
    {
        String toOut = "<<< " + Long.toString(i.rowData.id) + " - " + i.rowData.text;
        System.out.println(toOut);
    }
    int it = 0;
    stmt.setLong(++it, i.rowData.id);
    stmt.setString(++it, i.rowData.text);
    stmt.execute();
    stmt.close();
}
проверить данные:
 public void checkText() throws SQLException
{
    java.sql.Statement stmt = conn.createStatement();
    String query = "select id, text from clt where id = '12656697'";
    stmt.execute(query);
    java.sql.ResultSet rs = stmt.getResultSet();
    while (rs.next())
    {
        String k = rs.getString(1);
        String v = rs.getString(2);
        String toOut = ">>> " + k + " - " + v;
        System.out.println(toOut);
    }
}
выход:
character_set_client - utf8
character_set_connection - latin1
character_set_database - latin1
character_set_filesystem - binary
character_set_results - utf8
character_set_server - utf8
character_set_system - utf8
character_sets_dir - /usr/share/mysql/charsets/
<<< 12656697 - Апарати
>>> 12656697 - ???????
Проблема: в таблице у меня есть "???????????" символов в текстовом поле.
  ожидаемая строка: Апарати 
 результат:???????
Это своего рода  магия 
Я решил проблему... Но все равно буду признателен, если smbd мне это объяснит. 
Так.
-  Я добавил в мои строки /etc/mysql/my.cnf, предложенные Костисом Авалисом 
 результат тот же
-  Я удалил строки из своего кода: 
 query = "set character set utf8";
 stat.execute(запрос);
он работает!!!:)

