Это код, который я использовал за последний год. Он отлично работает!
$("#videos a").click(function() {
    if ($(this).hasClass('youtube')) {
        $.fancybox({
            'padding'       : 0,
            'autoScale'     : false,
            'transitionIn'  : 'none',
            'transitionOut' : 'none',
            'title'         : this.title,
            'width'         : $(this).attr('data-width'),
            'height'        : $(this).attr('data-height'),
            'href'          : this.href.replace(new RegExp("watch\\?v=", "i"), 'v/'),
            'type'          : 'swf',
            'swf'           : {
                'wmode'     : 'transparent',
                'allowfullscreen'   : 'true'
            }
        });
        return false;
    }
});
Когда этот код использовался на iPad, будет отображаться видео. Если видео не было видно на iPad, вы увидите значок YouTube с перечеркнутой кнопкой воспроизведения.
Так как iOS6 это перестало работать. Ничто в коде не изменилось. Вместо этого вы видите белый всплывающий экран. Кто-нибудь сталкивался с этим? Кто-нибудь знает причину?
Я использую Fancybox 1.3.4
