У меня есть zip файл myBig.zip на машине без репо git clone, но удаленный git был подготовлен как git-lfs, и работает без проблем.
Puting другими словами: нужно загружать, как в старой FTP, командой put myBig.zip, помещать в репозиторий на стороне сервера (git), и только он... простым способом (по умолчанию).