Не удалось выполнить R script из java-программы?

У меня есть Rscript в переменной String, и я хочу выполнить ее из программы Java и передать ей некоторую переменную. Если я выполняю автономный R script, он отлично работает. Я преобразовал это R script в одну строку, экранируя его все, используя программу Python, как показано ниже:

import json

jsonstr = json.dumps({"script": """\
#!/usr/bin/Rscript

# read the data file
library('jsonlite')
library('rpart')

args <- as.list(Sys.getenv(c(
                        "path",
                        "client_users")))

if (args[["path"]]==""){
    args[["path"]] <- "."
}

# other stuff here
# other stuff here

"""})

print jsonstr

Я использую напечатанную строку и сохраняю ее в переменной String, а затем выполняю код ниже, и он вообще не работает. Я передаю переменную path и client_users выше R script.

public static void main(String[] args) throws IOException, InterruptedException {

    // this is your script in a string
    // String script = "#!/bin/bash\n\necho \"Hello World\"\n\n readonly PARAM1=$param1\n echo $PARAM1\n\nreadonly PARAM2=$param2\n echo $PARAM2\n\n";
    String script = "above R Script here";

    List<String> commandList = new ArrayList<>();
    commandList.add("/bin/bash");

    ProcessBuilder builder = new ProcessBuilder(commandList);
    builder.environment().put("path", "/home/david");
    builder.environment().put("client_users", "1000");
    builder.redirectErrorStream(true);
    Process shell = builder.start();

    // Send your script to the input of the shell, something
    // like doing cat script.sh | bash in the terminal
    try(OutputStream commands = shell.getOutputStream()) {
        commands.write(script.getBytes());
    }

    // read the outcome
    try(BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(shell.getInputStream()))) {
        String line;
        while((line = reader.readLine()) != null) {
            System.out.println(line);
        }
    }

    // check the exit code
    int exitCode = shell.waitFor();
    System.out.println("EXIT CODE: " + exitCode);
}

Над кодом работает отлично с bash shell script. Есть ли что-нибудь, что мне нужно сделать специально для R script? Я буду использовать тот же код для bash script и R-скриптов.

И это ошибка, которую я получаю:

/bin/bash: line 7: -: No such file or directory /bin/bash: line 10: syntax error near unexpected token `'jsonlite'' /bin/bash: line 10: `library('jsonlite')'

И если я удалю commandList.add("/bin/bash"); и добавлю commandList.add("/bin/Rscript");, то я вижу ниже ошибку:

Cannot run program "/bin/Rscript": error=2, No such file or directory

Обновление: -

Вместо того, чтобы использовать мой выше script, я решил использовать простой print hell script в r, чтобы посмотреть, могу ли я выполнить его через Java или нет.

// this will print hello
String script = "#!/usr/bin/env Rscript\nsayHello <- function(){\n   print('hello')\n}\n\nsayHello()\n";

Когда я выполняю этот script с commandList.add("/bin/bash");, я получаю эту ошибку:

/bin/bash: line 2: syntax error near unexpected token `('
/bin/bash: line 2: `sayHello <- function(){'

Но если я выполняю с этим commandList.add("/bin/sh");, я получаю эту ошибку:

/bin/sh: 2: Syntax error: "(" unexpected

Ответ 1

Вам нужно будет запустить /usr/bin/Rscript напрямую. Кроме того, эта программа не считывает скрипты со стандартного ввода (вы должны указать путь к script как аргумент для Rscript), поэтому вам нужно будет:

Создать временный файл
Напишите script
Выполните script с помощью Rscript
Удалите временный файл (как хорошую практику программирования)

В качестве примера это POC:

public static void main(String[] args) throws IOException, InterruptedException {

    // Your script
    String script = "#!/usr/bin/env Rscript\n" +
            "\n" +
            "sayHello <- function() {\n" +
            "    print('hello')\n" +
            "}\n" +
            "\n" +
            "sayHello()\n";

    // create a temp file and write your script to it
    File tempScript = File.createTempFile("test_r_scripts_", "");
    try(OutputStream output = new FileOutputStream(tempScript)) {
        output.write(script.getBytes());
    }

    // build the process object and start it
    List<String> commandList = new ArrayList<>();
    commandList.add("/usr/bin/Rscript");
    commandList.add(tempScript.getAbsolutePath());
    ProcessBuilder builder = new ProcessBuilder(commandList);
    builder.redirectErrorStream(true);
    Process shell = builder.start();

    // read the output and show it
    try(BufferedReader reader = new BufferedReader(
            new InputStreamReader(shell.getInputStream()))) {
        String line;
        while((line = reader.readLine()) != null) {
            System.out.println(line);
        }
    }

    // wait for the process to finish
    int exitCode = shell.waitFor();

    // delete your temp file
    tempScript.delete();

    // check the exit code (exit code = 0 usually means "executed ok")
    System.out.println("EXIT CODE: " + exitCode);
}

В качестве альтернативы , и если ваш script имеет "shebang" в качестве первой строки, вы можете сделать следующие изменения:

установить для его исполняемого атрибута значение "true"
используйте путь к временному файлу в качестве первого элемента в списке команд (например, delete commandList.add("/usr/bin/Rscript");)

часть кода, подлежащего изменению, будет:

...

// create a temp file and write your script to it
File tempScript = File.createTempFile("test_r_scripts_", "");
tempScript.setExecutable(true);
try(OutputStream output = new FileOutputStream(tempScript)) {
    output.write(script.getBytes());
}

// build the process object and start it
List<String> commandList = new ArrayList<>();
commandList.add(tempScript.getAbsolutePath());
ProcessBuilder builder = new ProcessBuilder(commandList);

...