Условие имеет длину> 1, и будет использоваться только первый элемент

У меня есть dataframe, trip:

> head(trip.mutations)
  Ref.y Variant.y
1 T     C 
2 G     C 
3 A     C  
4 T     C 
5 C     A 
6 G     A

Я хочу добавить третий столбец mutType, который следует этим правилам:

for (i in 1:nrow(trip)) {
   if(trip$Ref.y=='G' & trip$Variant.y=='T'|trip$Ref.y=='C' & trip$Variant.y=='A') {
      trip[i, 'mutType'] <- "G:C to T:A"
   }
   else if(trip$Ref.y=='G' & trip$Variant.y=='C'|trip$Ref.y=='C' & trip$Variant.y=='G') {
      trip[i, 'mutType'] <- "G:C to C:G"
   }
   else if(trip$Ref.y=='G' & trip$Variant.y=='A'|trip$Ref.y=='C' & trip$Variant.y=='T') {
      trip[i, 'mutType'] <- "G:C to A:T"
   }
   else if(trip$Ref.y=='A' & trip$Variant.y=='T'|trip$Ref.y=='T' & trip$Variant.y=='A') {
      trip[i, 'mutType'] <- "A:T to T:A"
   }
   else if(trip$Ref.y=='A' & trip$Variant.y=='G'|trip$Ref.y=='T' & trip$Variant.y=='C') {
      trip[i, 'mutType'] <- "A:T to G:C"
   }
   else if(trip$Ref.y=='A' & trip$Variant.y=='C'|trip$Ref.y=='T' & trip$Variant.y=='G') {
      trip[i, 'mutType'] <- "A:T to C:G"
   }
}

но я получаю ошибку:

Warning messages:
1: In if (trip$Ref.y == "G" & trip$Variant.y == "T" | trip$Ref.y ==  ... :
  the condition has length > 1 and only the first element will be used

Я не думаю, что мои логические утверждения должны создавать векторы, но, может быть, я чего-то не хватает. trip $mutType должен выглядеть следующим образом:

mutType
A:T to G:C
G:C to C:G
A:T to C:G
A:T to G:C
G:C to T:A
G:C to A:T

Может ли кто-нибудь определить, что здесь не так? Мне нужно || вместо | возможно?

ОТВЕТЫ

Ответ 1

Вы получаете ошибку, потому что if может оценивать только вектор logical длины 1.

Возможно, вы пропустили разницу между & (|) и && (||). Более короткая версия работает по элементам, а более длинная версия использует только первый элемент каждого вектора, например:

c(TRUE, TRUE) & c(TRUE, FALSE)
# [1] TRUE FALSE

# c(TRUE, TRUE) && c(TRUE, FALSE)
[1] TRUE

Вам совсем не нужен оператор if:

mut1 <- trip$Ref.y=='G' & trip$Variant.y=='T'|trip$Ref.y=='C' & trip$Variant.y=='A'
trip[mut1, "mutType"] <- "G:C to T:A"

Ответ 2

Как и sgibb, это была проблема if, это не имело никакого отношения к | или ||.

Вот еще один способ решить вашу проблему:

for (i in 1:nrow(trip)) {
  if(trip$Ref.y[i]=='G' & trip$Variant.y[i]=='T'|trip$Ref.y[i]=='C' & trip$Variant.y[i]=='A') {
    trip[i, 'mutType'] <- "G:C to T:A"
  }
  else if(trip$Ref.y[i]=='G' & trip$Variant.y[i]=='C'|trip$Ref.y[i]=='C' & trip$Variant.y[i]=='G') {
    trip[i, 'mutType'] <- "G:C to C:G"
  }
  else if(trip$Ref.y[i]=='G' & trip$Variant.y[i]=='A'|trip$Ref.y[i]=='C' & trip$Variant.y[i]=='T') {
    trip[i, 'mutType'] <- "G:C to A:T"
  }
  else if(trip$Ref.y[i]=='A' & trip$Variant.y[i]=='T'|trip$Ref.y[i]=='T' & trip$Variant.y[i]=='A') {
    trip[i, 'mutType'] <- "A:T to T:A"
  }
  else if(trip$Ref.y[i]=='A' & trip$Variant.y[i]=='G'|trip$Ref.y[i]=='T' & trip$Variant.y[i]=='C') {
    trip[i, 'mutType'] <- "A:T to G:C"
  }
  else if(trip$Ref.y[i]=='A' & trip$Variant.y[i]=='C'|trip$Ref.y[i]=='T' & trip$Variant.y[i]=='G') {
    trip[i, 'mutType'] <- "A:T to C:G"
  }
}