Основные различия, которые я видел, следующие:
- Handlebars добавляет #if, #unless, #with и #each
 - Handlebars добавляет помощников
 - Шаблоны Handlebars скомпилированы (Mustache может быть слишком)
 - Handlebars поддерживает paths
 - Позволяет использовать {{this}} в блоках (который выводит текущее значение строки элемента)
 - Handlebars.SafeString() (и, возможно, некоторые другие методы)
 - Handlebars от 2 до 7 раз быстрее
 -  Усы поддерживает перевернутые разделы (т.е. 
if !x ...) 
(Пожалуйста, поправьте меня, если я ошибаюсь в вышеупомянутом.)
Есть ли другие существенные отличия, которые мне не хватает?