Из вопроса Как заменить символ для новой строки в Vim?. Вы должны использовать \r при замене текста для новой строки, например
:%s/%/\r/g
Но при замене конца строк и строк новой строки для символа вы можете сделать это следующим образом:
:%s/\n/%/g
В каком разделе руководства указаны эти поведения, и какова их аргументация?