У меня для большинства моих проектов есть следующее соглашение:
/src
/Solution.sln
/SolutionFolder
/Project1
/Project2
/etc..
/lib
/Moq
moq.dll
license.txt
/Yui-Compressor
yui.compressor.dll
/tools
/ILMerge
ilmerge.exe
Вы заметите, что я не хранил внешние библиотеки внутри исходной папки. Я также очень заинтересован в использовании NuGet, но не хочу, чтобы эти внешние библиотеки находились в исходной папке. У NuGet есть параметр для изменения каталога, в который загружаются все пакеты?