В Eclipse вы можете создать контейнер проекта с необходимыми зависимостями в соседней подпапке, выполнив...
-  Export- > Java- > Runnable JAR файл 
-  Выберите вариант "Обработка библиотеки": скопируйте необходимые библиотеки в подпапку рядом с созданным JAR 
Есть ли способ сделать это с помощью Gradle?
PS: Я работаю над gradle 2.2.1
