Subversion, Git, Mercurial и другие поддерживают трехсторонние слияния (объединяя мою, их и "базовую" ревизию) и поддерживают графические инструменты для разрешения конфликтов.
Какой инструмент вы используете? Windows, Mac OS X, Linux, бесплатная или коммерческая, вы называете это.
Вот некоторые из них, которые я использовал или слышал, только чтобы начать разговор:
(Я признаю, что это что-то вроде Best Diff Tool, но он отличается тем, что я явно фокусируюсь на трехсторонних инструментах слияния; WinMerge исключен из списка, например.)