Как вы гарантируете, что вы можете проверить код в Eclipse или NetBeans и работать там с ним?
Изменить: если вы не проверяете файлы, связанные с ide, вам нужно перенастроить путь сборки, включает и все это, каждый раз, когда вы проверяете проект. Я не знаю, если ant (особенно файл сборки ant, который создается/экспортируется из eclipse) будет работать с другим идеем без проблем.