Я бы предложил посмотреть Eclipse и PyDev для отладки. Я полагаю, что есть много альтернатив.
Ответ 3
Если вы используете PyCharm, вы можете изменить настройки ярлыков клавиатуры -
Настройки → Keymap → Другое → Выполнить выбор в консоли
Если вы перенесли с R, то сменить это на Ctrl + Enter поможет вам запустить код по строкам.
Ответ 4
Посмотрите на ipython, вы должны иметь возможность использовать комбинацию pdb и ipython, например, загружать pdb внутри ipython для достижения того, что вам нужно.