Я использую это, чтобы удалить файл из репо:
hg remove <full file path> 
Какую команду вы можете использовать для hg remove для всех файлов, которые были удалены локально?
Удаленные локально, я имею в виду те, которые появляются с !, когда вы делаете hg status.
Для добавлений вы можете просто сделать hg add, чтобы добавить все новые файлы (с префиксом ?).