Мне нужно нарисовать сеть с 5 узлами и 20 направленными ребрами (ребро, соединяющее каждые 2 узла) с помощью R, но мне нужны две функции:
Я потратил часы на поиск решения и попробовал много пакетов, но всегда есть проблема.
Может ли кто-нибудь предложить решение, пожалуйста, и представить полный пример?
Большое спасибо заранее.
Если это нормально, чтобы линии были изогнуты, я знаю два пути. Сначала создаю edgelist:
Edges <- data.frame(
from = rep(1:5,each=5),
to = rep(1:5,times=5),
thickness = abs(rnorm(25)))
Edges <- subset(Edges,from!=to)
Это содержит начало node в первом столбце, node пункта назначения на втором и вес третьего. Вы можете использовать мой pacake qgraph для построения взвешенного графика, используя это. По умолчанию ребра изогнуты, если между двумя узлами есть несколько ребер:
library("qgraph")
qgraph(Edges,esize=5,gray=TRUE)
Однако этот пакет на самом деле не предназначен для этой цели, и вы не можете изменить цвета краев (но, работая над ним:)). Вы можете сделать все края черными с небольшим трюком:
qgraph(Edges,esize=5,gray=TRUE,minimum=0,cut=.Machine$double.xmin)
Для большего контроля вы можете использовать пакет igraph. Сначала сделаем график:
library("igraph")
g <- graph.edgelist(as.matrix(Edges[,-3]))
Обратите внимание на преобразование в матрицу и вычитание одного из них, поскольку первый node равен 0. Далее мы определяем макет:
l <- layout.fruchterman.reingold(g)
Теперь мы можем изменить некоторые параметры края с помощью функции E():
# Define edge widths:
E(g)$width <- Edges$thickness * 5
# Define arrow widths:
E(g)$arrow.width <- Edges$thickness * 5
# Make edges curved:
E(g)$curved <- 0.2
И, наконец, построим график:
plot(g,layout=l)
В то время, когда я не отвечал R, я бы рекомендовал использовать Cytoscape для генерации сети.
Вы можете автоматизировать его с помощью RCytoscape. http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/RCytoscape.html
Пакет, информативно называемый "сеть", может довольно хорошо рисовать направленные сети и обрабатывать ваши проблемы.
ex.net <- rbind(c(0, 1, 1, 1), c(1, 0, 0, 1), c(0, 0, 0, 1), c(1, 0, 1, 0))
plot(network(ex.net), usecurve = T, edge.curve = 0.00001,
edge.lwd = c(4, rep(1, 7)))
Аргумент edge.curve, если он установлен очень низко и в сочетании с usecurve = T, разделяет ребра, хотя может быть и более прямой способ сделать это, и edge.lwd может принимать вектор в качестве аргумента для разных размеров.
Это не всегда самый красивый результат, признаюсь я. Но довольно легко получить приличные сетевые графики, которые можно настроить несколькими способами (см. "Network.plot" ).
Ограничение "не перекрывающихся" на ребрах является большой проблемой здесь. Во-первых, ваша сеть должна быть "плоской", иначе это невозможно в двух измерениях (вы не можете подключить три дома к газовым, электрическим, телефонным компаниям без кроссоверов).
Я думаю, что алгоритм построения планарного графа существенно решает проблему с 4 цветами. Получайте удовольствие от этого. Существуют эвристики, поиск планарного графика, а также форсированное направление и чтение планарных графов...