Как изменить имена ярлыков меток x, порядок и цвет коробки с помощью R ggplot?

У меня есть папка, содержащая файлы csv, каждая с двумя столбцами данных, например:

0,red
15.657,red
0,red
0,red
4.429,red
687.172,green
136.758,green
15.189,red
0.152,red
23.539,red
0.348,red
0.17,blue
0.171,red
0,red
61.543,green
0.624,blue
0.259,red
338.714,green
787.223,green
1.511,red
0.422,red
9.08,orange
7.358,orange
25.848,orange
29.28,orange

Я использую следующий код R для создания ящиков:

files <- list.files(path="D:/Ubuntu/BoxPlots/test/", pattern=NULL, full.names=F, recursive=FALSE)
files.len<-length(files)
col_headings<-c("RPKM", "Lineage")

for (i in files){
  i2<-paste(i,"png", sep=".")
  boxplots<-read.csv(i, header=FALSE)
  names(boxplots)<-col_headings
  png(i2)
  bplot<-ggplot(boxplots, aes(Lineage, RPKM)) + geom_boxplot(aes(fill=factor(Lineage))) + geom_point(aes(colour=factor(Lineage)))
  print(bplot)
  graphics.off()
}

Теперь я хочу изменить цвет ящиков, чтобы они соответствовали соответствующим цветовым ярлыкам оси х. Я также хочу изменить имена меток оси x, а также их порядок. Есть ли способ сделать это с помощью ggplot или qplot?

ОТВЕТЫ

Ответ 1

Создание ответа @shadow, здесь, как вы можете вручную изменить метки оси x. Я также добавил несколько других изменений, которые помогают улучшить внешний вид графика и легенды:

colorder <- c( "green", "orange", "red", "blue")
bplot<-ggplot(temp, aes(Lineage, RPKM)) + 
    geom_boxplot(aes(fill=factor(Lineage))) + 
    geom_point(aes(colour=factor(Lineage))) + 
    scale_color_manual(breaks=colorder, # color scale (for points)
                     limits=colorder, 
                     values=colorder,
                     labels=c("hESC1","hESC2","hESC3","hESC4"),
                     name="Group") +
    scale_fill_manual(breaks=colorder,  # fill scale (for boxes)
                     limits=colorder, 
                     values=colorder,
                     labels=c("hESC1","hESC2","hESC3","hESC4")
                     name="Group") +
    scale_x_discrete(limits=colorder,labels=c("hESC1","hESC2","hESC3","hESC4")) +
    theme_bw()

Добавление опции labels к слою scale_x_discrete графика позволяет вам изменить метки осей. Добавление labels в оба scale_fill_manual и scale_color_manual позволяет вам менять метки легенды. Добавление name в оба позволяет изменить заголовок легенды. Наконец, я добавил theme_bw() к сюжету, чтобы сделать белый фон и добавить границу вокруг графика. Надеюсь, что это поможет!

enter image description here

Ответ 2

Да, вы можете это сделать. Используйте scale_color_manual, scale_fill_manual и scale_x_discrete следующим образом:

# specify colors and order 
colorder <- c( "green", "orange", "red", "blue") 
bplot<-ggplot(boxplots, aes(Lineage, RPKM)) + 
  geom_boxplot(aes(fill=factor(Lineage))) + 
  geom_point(aes(colour=factor(Lineage))) + 
  scale_color_manual(breaks=colorder, # color scale (for points)
                     limits=colorder, 
                     values=colorder) +
  scale_fill_manual(breaks=colorder,  # fill scale (for boxes)
                    limits=colorder, 
                    values=colorder) +
  scale_x_discrete(limits=colorder)   # order of x-axis