R кошмар: Yosemite, R, RStudio и Homebrew

Я использую MacBook Pro 13 "Retina (конец 2013 года) с OS X Yosemite 10.10.2. Я бы не пожелал этого моему злейшему врагу. Ну, может быть.

Кошмар в хронологическом порядке:

  • Загруженные R и RStudio с официальных сайтов.
  • Отправляйте оба приложения несколько раз, отлично.
  • Установленный доморощенный. Ran "brew врач" в Терминале. Brew врач сказал, что файлы R были проблематичными.
  • RStudio начал действовать странно.
  • Загрузили пакет ggplot2 R через зеркало CRAN. 5 ГБ данных забивали файл "private/var". Удалите некоторые данные там.
  • Mac испугался. Ядро паника до тех пор, пока Apple Store Genius не стерла Mac и не переустановил OS X.

Я хочу продолжать использовать R и RStudio. Вопросы:

  • Как мне обойти это без раздувания Mac?
  • Как установить R и RStudio через Homebrew?
  • Нужно ли сначала установить XQuartz?
  • Что произойдет, если я установлю R и RStudio без всплытия?
  • Какие конфликты между R, RStudio и Homebrew следует распознать?
  • Общие причуды, связанные с установкой всех Homebrew, R и RStudio?
  • Как я могу сделать Homebrew, R и RStudio жить долго и счастливо, не сжигая дома?

Спасибо!

ОТВЕТЫ

Ответ 1

Как мне обойти это без раздувания Mac?

Не пытайтесь удалить свой файл подкачки во время работы компьютера! Если вы начнете удалять случайные системные файлы, у вас будет плохой день.

Как установить R и RStudio через Homebrew?

Вы можете установить R с помощью brew install r. Вы можете установить двоичный RStudio с помощью homebrew-cask, например brew install Caskroom/cask/rstudio.

Нужно ли сначала установить XQuartz?

Нет, это больше не нужно.

Что произойдет, если я не установлю R и RStudio?

Ничего плохого; brew doctor может сообщать о результатах, но это не ошибки, и вы не должны предполагать, что они представляют проблемы, хотя они полезны для таких поддерживающих меня людей, если вы обратитесь за помощью, чтобы попытаться диагностировать сбои сборки позже.

Какие конфликты между R, RStudio и Homebrew следует распознать?

Нет важных конфликтов. Если вы устанавливаете компиляторы из http://r.research.att.com/libs/, которые не нужны, если вы используете заваренное R, у вас могут возникнуть проблемы с установкой таких вещей, как gcc (который предоставляет gfortran) из Homebrew.

Общие причуды, связанные с установкой всех Homebrew, R и RStudio?

По состоянию на август 2015 года комментарии ниже не нужны; пакеты теперь устанавливаются в /usr/local/lib/R/x.y/site-library по умолчанию и должны пережить незначительные обновления R.

Если вы используете завариваемый R и хотите, чтобы ваши установленные пакеты выдержали незначительные обновления R, вы можете запустить mkdir -p ~/Library/R/3.2/library, а затем R установит пакеты по этому пути по умолчанию (размещение пакетов в вашем домашнем каталоге, а не в Подвале).

Как я могу сделать Homebrew, R и RStudio жить долго и счастливо, не сжигая дом?

См. выше!

Ответ 2

Оглядываясь на эту проблему, учитывая все полезные комментарии и ответы, касающиеся загрузки R-пакетов на Mac с R и Homebrew, уже установлены:

Сделайте это в консоли R в интерфейсе RStudio, просто набрав install.packages("name of the package")

Поскольку я начал загружать пакеты R прямо в RStudio, у меня не было никаких проблем. Система очень счастлива.