Устранение неполадок rgdal

Я хочу установить rgdal для "R version 3.2.3 (2015-12-10)". Я загрузил и установил

GDAL 1.11 Complete
PROJ framework v4.9.2-2
Структура GEOS v3.5.0-1

Затем в RStudio я набрал install.packages("rgdal"), который дал мне это:

> .... 
> 
> configure: CC: clang configure: CXX: clang++ configure: rgdal:
> 1.1-1 checking for /usr/bin/svnversion... yes configure: svn revision: 
> 572 checking for gdal-config... 
> no no configure: error: gdal-config
> not found or not executable. ERROR: configuration failed for package
> ‘rgdal’
> * removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rgdal’
> Warning in install.packages :   installation of package ‘rgdal’ had
> non-zero exit status

> sessionInfo()
R version 3.2.3 (2015-12-10)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.10.5 (Yosemite)

locale:
[1] de_AT.UTF-8/de_AT.UTF-8/de_AT.UTF-8/C/de_AT.UTF-8/de_AT.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.2.3

Я также пробовал в терминале

R CMD INSTALL rgdal_1.1-1.tar --configure-args='--with-gdal-config=/Library/Frameworks/GDAL.framework/Programs/gdal-config
 --with-proj-include=/Library/Frameworks/PROJ.framework/Headers
 --with-proj-lib=/Library/Frameworks/PROJ.framework/unix/lib'

sudo R CMD INSTALL –configure-args=’–with-proj-include=/usr/local/lib’ rgdal_1.1-1.tar

Не повезло!

Ответ 1

Наконец, решил.

Вот как я это сделал! OS X 10.10.5 R 3.2.3 GDAL 1.1

Загрузите и установите GDAL Complete Framework из здесь
Сообщите вашей ОС X, где найти файл gdal-config, введя его в оболочку echo 'export PATH=/Library/Frameworks/GDAL.framework/Programs:$PATH' >> ~/.bash_profile, а затем source ~/.bash_profile
Проверьте, работает ли ваш GDAL нормально, набрав bash gdalinfo --version. Это должно вернуться с чем-то вроде GDAL 1.11.3, released 2015/09/16.
Для большинства людей начинается запуск R и ввод текста install.packages("rgdal") (если вы сделали шаг 1-3). Однако для меня это было не так. Итак, продолжайте с 5, если у вас все еще есть проблемы.
Перейдите на веб-сайт GDAL и загрузите файл .tar.
В оболочке попробуйте следующее: sudo R CMD INSTALL –configure-args=’–with-proj-include=/usr/local/lib’ rgdal_1.1-1.tar. Это все еще дало мне ошибку: configure: error: proj_api.h not found in standard or given locations. ERROR: configuration failed for package ‘rgdal’
Итак, вам снова нужно сказать, где его найти. Пытаться: R CMD INSTALL rgdal_1.1-1.tar --configure-args='--with-gdal-config=/Library/Frameworks/GDAL.framework/Programs/gdal-config --with-proj-include=/Library/Frameworks/PROJ.framework/Headers --with-proj-lib=/Library/Frameworks/PROJ.framework/unix/lib'

Это должно сработать. Попробуйте запустить R и введите library(rgdal).

Примечание. При использовании rgoes я сталкивался с подобными проблемами. Это помогло мне. Попробуйте:

R CMD INSTALL rgeos_0.3-15.tar --configure-args='--with-geos-config=/Library/Frameworks/GEOS.framework/unix/bin/geos-config
--with-proj-include=/Library/Frameworks/PROJ.framework/Headers
--with-proj-lib=/Library/Frameworks/PROJ.framework/unix/lib'

Для указания на файл config. Здесь /Library/Frameworks/GEOS.framework/unix/bin/geos-config

Ответ 2

Быстрое создание комментария к предыдущему ответу @Stophface, который может быть полезен кому-то:

Я сделал все шаги, перечисленные выше, но установка rgdal в Terminal все еще дала мне ошибку configure: error: proj_api.h not found in standard or given locations. Тем не менее (и, не зная точно, почему), мне удалось установить его из R.app, используя почти те же спецификации:

> install.packages('rgdal', type = "source", configure.args=c(
     '--with-gdal-config=/Library/Frameworks/GDAL.framework/Programs/gdal-config',
     '--with-proj-include=/Library/Frameworks/PROJ.framework/Headers',
     '--with-proj-lib=/Library/Frameworks/PROJ.framework/unix/lib'))

И еще раз спасибо за ваш ответ!

Ответ 3

У меня была та же ошибка Running R 3.4.0 на macOS Sierra (10.12). Поэтому я использовал homebrew для установки gdal, а затем rgdal установлен как обычно в R

в терминале

brew install gdal

в R

install.packages("rgdal")

devtools::session_info()
Session info ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
 setting  value                       
 version  R version 3.4.0 (2017-04-21)
 system   x86_64, darwin15.6.0        
 ui       RStudio (1.0.143)           
 language (EN)                        
 collate  en_AU.UTF-8                 
 tz       Australia/Melbourne         
 date     2017-04-24                  

Packages --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
 package  * version date       source        
 devtools   1.12.0  2016-12-05 CRAN (R 3.4.0)
 digest     0.6.12  2017-01-27 CRAN (R 3.4.0)
 lattice    0.20-35 2017-03-25 CRAN (R 3.4.0)
 memoise    1.1.0   2017-04-21 CRAN (R 3.4.0)
 rgdal    * 1.2-6   2017-04-06 CRAN (R 3.4.0)
 sp       * 1.2-4   2016-12-22 CRAN (R 3.4.0)
 withr      1.0.2   2016-06-20 CRAN (R 3.4.0)

Ответ 4

Я установил его через conda на моем Mac (OS X 10.10.5). Установка была простой. Если вы новичок в conda, проверьте этот http://conda.pydata.org/docs/r-with-conda.html

conda install gdal
gdalinfo --version
# GDAL 2.1.0, released 2016/04/25

R Установка пакета:

install.packages('rgdal', type = "source", configure.args=c(
    '--with-gdal-config=/Library/Frameworks/GDAL.framework/Programs/gdal-config',
    '--with-proj-include=/Library/Frameworks/PROJ.framework/Headers',
    '--with-proj-lib=/Library/Frameworks/PROJ.framework/unix/lib'))

install.packages('rgeos', type = "source", configure.args=c(
    '--with-gdal-config=/Library/Frameworks/GDAL.framework/Programs/gdal-config',
    '--with-proj-include=/Library/Frameworks/PROJ.framework/Headers',
    '--with-proj-lib=/Library/Frameworks/PROJ.framework/unix/lib'))

install.packages('maptools', dependencies=TRUE)