Величина Groupby рассчитывается на dataframe pandas

У меня есть следующий фреймворк:

df = pd.DataFrame([
    (1, 1, 'term1'),
    (1, 2, 'term2'),
    (1, 1, 'term1'),
    (1, 1, 'term2'),
    (2, 2, 'term3'),
    (2, 3, 'term1'),
    (2, 2, 'term1')
], columns=['id', 'group', 'term'])

Я хочу сгруппировать его с помощью id и group и вычислить число каждого члена для этой пары id, group.

Итак, в конце концов я получу что-то вроде этого:

Я смог добиться того, чего хочу, перейдя по всем строкам с помощью df.iterrows() и создав новый фреймворк данных, но это явно неэффективно. (Если это помогает, я заранее знаю список всех терминов и их ~ 10).

Похоже, мне приходится группировать, а затем подсчитывать значения, поэтому я попробовал это с df.groupby(['id', 'group']).value_counts(), который не работает, потому что value_counts работает в серии groupby, а не в кадре данных.

В любом случае я могу добиться этого без цикла?

Ответ 1

Я использую groupby и size

df.groupby(['id', 'group', 'term']).size().unstack(fill_value=0)

Timing

1 000 000 строк

df = pd.DataFrame(dict(id=np.random.choice(100, 1000000),
                       group=np.random.choice(20, 1000000),
                       term=np.random.choice(10, 1000000)))

Ответ 2

Вы можете использовать crosstab:

print (pd.crosstab([df.id, df.group], df.term))
term      term1  term2  term3
id group                     
1  1          2      1      0
   2          0      1      0
2  2          1      0      1
   3          1      0      0

Другое решение с groupby с агрегацией size, переформатирование unstack:

df.groupby(['id', 'group', 'term'])['term'].size().unstack(fill_value=0)

term      term1  term2  term3
id group                     
1  1          2      1      0
   2          0      1      0
2  2          1      0      1
   3          1      0      0

Задержка

df = pd.concat([df]*10000).reset_index(drop=True)

In [48]: %timeit (df.groupby(['id', 'group', 'term']).size().unstack(fill_value=0))
100 loops, best of 3: 12.4 ms per loop

In [49]: %timeit (df.groupby(['id', 'group', 'term'])['term'].size().unstack(fill_value=0))
100 loops, best of 3: 12.2 ms per loop

Ответ 3

используя метод pivot_table():

In [22]: df.pivot_table(index=['id','group'], columns='term', aggfunc='size', fill_value=0)
Out[22]:
term      term1  term2  term3
id group
1  1          2      1      0
   2          0      1      0
2  2          1      0      1
   3          1      0      0

Сроки против 700K строк DF:

In [24]: df = pd.concat([df] * 10**5, ignore_index=True)

In [25]: df.shape
Out[25]: (700000, 3)

In [3]: %timeit df.groupby(['id', 'group', 'term'])['term'].size().unstack(fill_value=0)
1 loop, best of 3: 226 ms per loop

In [4]: %timeit df.pivot_table(index=['id','group'], columns='term', aggfunc='size', fill_value=0)
1 loop, best of 3: 236 ms per loop

In [5]: %timeit pd.crosstab([df.id, df.group], df.term)
1 loop, best of 3: 355 ms per loop

In [6]: %timeit df.groupby(['id','group','term'])['term'].size().unstack().fillna(0).astype(int)
1 loop, best of 3: 232 ms per loop

In [7]: %timeit df.groupby(['id', 'group', 'term']).size().unstack(fill_value=0)
1 loop, best of 3: 231 ms per loop

Сроки против строк 7M DF:

In [9]: df = pd.concat([df] * 10, ignore_index=True)

In [10]: df.shape
Out[10]: (7000000, 3)

In [11]: %timeit df.groupby(['id', 'group', 'term'])['term'].size().unstack(fill_value=0)
1 loop, best of 3: 2.27 s per loop

In [12]: %timeit df.pivot_table(index=['id','group'], columns='term', aggfunc='size', fill_value=0)
1 loop, best of 3: 2.3 s per loop

In [13]: %timeit pd.crosstab([df.id, df.group], df.term)
1 loop, best of 3: 3.37 s per loop

In [14]: %timeit df.groupby(['id','group','term'])['term'].size().unstack().fillna(0).astype(int)
1 loop, best of 3: 2.28 s per loop

In [15]: %timeit df.groupby(['id', 'group', 'term']).size().unstack(fill_value=0)
1 loop, best of 3: 1.89 s per loop

Ответ 4

Вместо запоминания длинных решений, как насчет того, что pandas построил для вас:

df.groupby(['id', 'group', 'term']).count()