В моем текущем представлении нет, предпочитайте хранимые процедуры Transact SQL, потому что они более легкие и, возможно, более эффективные, тогда как процедуры CLR позволяют разработчикам преодолевать всевозможные ошибки.
Однако в последнее время мне пришлось отлаживать некоторые очень плохо написанные TSQL хранимые процедуры. Как обычно, я обнаружил многие проблемы из-за того, что первоначальный разработчик разработчика не имел реального опыта TSQL, они были сосредоточены на ASP.NET/С#.
Таким образом, использование процедур CLR сначала обеспечит гораздо более привычный набор инструментов для этого типа разработчиков, а во-вторых, средства отладки и тестирования более мощные (например, Visual Studio вместо SQL Management Studio).
Мне было бы очень интересно услышать ваш опыт, так как кажется, что это не простой выбор.