Я создал две матрицы из 1000 x 1000:
Первая матрица: O и #. 
Вторая матрица: O и B.
Используя следующий код, первая матрица заняла 8,52 секунды:
Random r = new Random();
for (int i = 0; i < 1000; i++) {
    for (int j = 0; j < 1000; j++) {
        if(r.nextInt(4) == 0) {
            System.out.print("O");
        } else {
            System.out.print("#");
        }
    }
   System.out.println("");
 }
С помощью этого кода вторая матрица заняла 259,152 секунды для завершения:
Random r = new Random();
for (int i = 0; i < 1000; i++) {
    for (int j = 0; j < 1000; j++) {
        if(r.nextInt(4) == 0) {
            System.out.print("O");
        } else {
            System.out.print("B"); //only line changed
        }
    }
    System.out.println("");
}
В чем причина резкого различного времени выполнения?
Как указано в комментариях, только печать System.out.print("#"); занимает 7.8871 секунд, тогда как System.out.print("B"); дает still printing....
Как и другие, кто указал, что он работает для них нормально, я попробовал Ideone.com, и обе части кода выполняются на с той же скоростью.
Условия испытаний:
- Я проверил этот тест с Netbeans 7.2, с выходом в консоль
-  Я использовал System.nanoTime()для измерений

