RubyMine хранит конфигурацию проекта файлов в каталоге .idea, который автоматически создается в корневой папке проекта.
Для лучшего сотрудничества между проектной команды, вы должны версия управляет всеми файлами, находящимися под .idea в корне проекта кроме workspace.xml и файлы tasks.xml, которые хранят пользователя конкретные настройки.
Ответ 2
Для RubyMine может быть предпочтительным не распространять файлы проекта вообще, потому что многое другое настраивается автоматически на основе ваших локальных настроек (например, самоцветов, которые вы установили локально).