Autoconf заменит все переменные (@…@) соответствующими значениями, а результат будет .h файлом.
Ответ 2
Как правило, файл .h.in представляет собой шаблон заголовка, который заполняется, чтобы стать фактическим заголовком configure script на основе результатов нескольких тестов для функций, присутствующих на целевой платформе.
Ответ 3
Файлы, заканчивающиеся на .in, обычно являются файлами шаблонов, используемыми программой под названием configure, которая генерирует новый файл без расширения после подстановки для переменных разложений. I.e., если вы смотрите на исходное дерево, в котором есть файлы, называемые, например. Makefile.in в дереве, тогда ./configure создаст полезный Makefile, который можно использовать для "make" из источника.