Вот как вы скрываете версию сервера в Jetty 8:
Server server = new Server(port);
server.setSendServerVersion(false);
Как вы это делаете в Jetty 9? Итак, теперь он должен выглядеть примерно так?
HttpConfiguration config = new HttpConfiguration();
config.setSendServerVersion(false);
//TODO: Associate config with server???
Server server = new Server(port);