Я обнаружил, что все библиотеки Swift (libswiftCore.dylib, libswiftCoreGraphics.dylib,...) существуют дважды в IPA. После распаковки IPA в папке SwiftSupport и одних и тех же файлах снова есть одна версия библиотек тезисов внутри области Payload/Framework.
Насколько я узнал, папка SwiftSupport всегда генерируется Xcode при создании Swift-проекта. Но откуда берутся библиотеки Swift в Payload/Frameworks и как я могу избавиться от них?