У меня такая же проблема, как этот парень, этот парень, и этот парень (nota bene, я на самом деле не уверен, что они все ребята, как таковые).
Все они нашли свои решения, но ни одна из них не относится к моей проблеме. Я использую Xcode 6.1 в своем приложении iOS 8 с включенным расширением. Приложение и расширение как полагаются на включенную структуру. Когда я пытаюсь отправить приложение в магазин, предупреждение о проверке, которое я получаю, это "ERROR ITMS-9000: Invalid bundle. The bundle at 'xxxxx.appex' contains disallowed file 'Frameworks'".
Я даже не могу найти файл под названием Frameworks. Предполагается, что общий ресурс будет сохранен в /Library/Frameworks, который рекомендуется сохранить в Apple. Проект также использует Cocoapods, который поражает меня как единственного другого возможного виновника, поскольку он имеет ссылки в своих файлах конфигурации на $FRAMEWORK_PATH (хотя папка сборки не содержит файл или папку с этим именем).