Я определяю некоторые переменные в файле Android.mk (я передаю некоторые флаги для компилятора), но каждый раз, когда я строю свой проект, Android.mk перезаписывается. Я предполагаю, что Gradle несет ответственность и что я должен искать там?  Как использовать собственный файл Android.mk?
Фоновая информация:
 Ubuntu 64bit, Android Studio 1.0.1, JDK7.
Я завернул мою версию NDK с O-LLVM NDK, и как таковой редактирую файл Android.mk, расположенный в app/build/intermediates/ndk/debug (it единственный Android.mk файл в моем проекте dir), отличающийся от того места, которое предоставляет doc для O-LLVM.
Кроме того, нет файла Application.mk, поэтому я полагаю, что Gradle отвечает за вызовы компилятора?
Любая помощь будет принята с благодарностью.
Кайл
Обновленная информация
build.gradle - (приложение)
//The following code until the "----" line is the new build.gradle config file
// that disables automatic Android.mk file generation
import org.apache.tools.ant.taskdefs.condition.Os
apply plugin: 'com.android.application'
android {
    compileSdkVersion 21
    buildToolsVersion "21.1.2"
    defaultConfig {
        applicationId "com.md.helloworld"
        minSdkVersion 15
        targetSdkVersion 21
        versionCode 1
        versionName "1.0"
        ndk {
            moduleName "MyLib"
        }
    }
    buildTypes {
        release {
            minifyEnabled false
            proguardFiles getDefaultProguardFile('proguard-android.txt'), 'proguard-rules.pro'
        }
    }
    sourceSets.main {
        jniLibs.srcDir 'src/main/libs' //set libs as .so location instead of jni
        jni.srcDirs = [] //disable automatic ndk-build call with auto-generated Android.mk file
    }
    // Call regular ndk-build (.cmd) script from the app directory
    task ndkBuild(type: Exec) {
        commandLine 'ndk-build', '-C', file('src/main/').absolutePath
    }
    tasks.withType(JavaCompile) {
        compileTask -> compileTask.dependsOn ndkBuild
    }
}
dependencies {
    compile fileTree(dir: 'libs', include: ['*.jar'])
    compile 'com.android.support:appcompat-v7:21.0.3'
}
/*
//The following code is the original Android.mk file
apply plugin: 'com.android.application'
android {
    compileSdkVersion 21
    buildToolsVersion "21.1.2"
    defaultConfig {
        applicationId "com.md.helloworld"
        minSdkVersion 15
        targetSdkVersion 21
        versionCode 1
        versionName "1.0"
        //The only modified line
        ndk {
            moduleName "MyLib"
        }
    }
    buildTypes {
        release {
            minifyEnabled false
            proguardFiles getDefaultProguardFile('proguard-android.txt'), 'proguard-rules.pro'
        }
    }
}
dependencies {
    compile fileTree(dir: 'libs', include: ['*.jar'])
    compile 'com.android.support:appcompat-v7:21.0.3'
}
*/
Android.mk
LOCAL_PATH := $(call my-dir)
include $(CLEAR_VARS)
LOCAL_MODULE    := helloWorld
LOCAL_SRC_FILES := main.c
LOCAL_LDLIBS := -static
include $(BUILD_EXECUTABLE)
Application.mk
LOCAL_PATH := $(call my-dir)
include $(CLEAR_VARS)
APP_ABI := armeabi
NDK_TOOLCHAIN_VERSION := clang3.4-obfuscator
include $(BUILD_EXECUTABLE)
Обратите внимание: я пока не пропускаю какие-либо флагов, я пытаюсь сначала создать сборку Vanilla