Альтернативой является реализация эквивалентных запросов/операций с использованием обычного языка запросов MongoDB и API-интерфейса клиента
Таким образом, это означало бы запись ваших запросов в среде клиента (например, Node.js) и их выполнение таким образом. Если они запускаются на сервере, подключаемом к localhost, они должны быть довольно быстрыми, хотя, вероятно, не так быстро, как с помощью eval.