В чем разница между командами C, cc и S в vim

Кажется, они стирают строку и вводят режим вставки.

C заменяет остальную часть строки (начиная с позиции курсора) с помощью вашего редактирования.
cc и S являются синонимами и заменяют целую строку вашим редактированием.

От :h C...

Удалить из позиции курсора в конец line [...] и впервые вставка. Синоним c$.

И :h S дает нам...

Удалить [count] строки [...] и начать вставить. Синоним для cc.