Я заметил, что IntelliJ IDEA 9 работает как 32-разрядный процесс в Windows 2003 x64 и хочет настроить его для запуска в виде 64-битного процесса. Я нашел статью о том, как это сделать в Mac OSX, но не в Windows.
Обновление # 1: у меня установлена 64-разрядная версия JDK 1.6.18.