Как автоматически загружать настройки в R на OSX? Как найти R_HOME, настроить Rprofile.site и т.д.?

У меня есть Macintosh, и я пытаюсь автоматически загружать пакеты, домашние функции и использовать модифицированную настройку каждый раз при запуске R. Я считаю, что это можно сделать с помощью файла Rprofile.site и путем создания функций. First и .Lust в этом файле.

Одна из проблем заключается в том, что я не знаю, что такое мой каталог R_HOME, для чего он используется или существует. Я нашел две функции, которые, как я думал, обе дали мне свое местоположение, но я получаю разные результаты.

Здесь первый

> Sys.getenv("R_home")
R_home 
    ""

И второй

> R.home()
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Resources"

Насколько я могу судить, второй каталог вообще не существует на моей машине. В настоящее время я запускаю R из каталога моих приложений.

ОТВЕТЫ

Ответ 1

На протяжении многих лет я полагался на документацию help(Startup) как лучшее место для ознакомления с этим. Существует множество конфигурационных файлов для каждого пользователя и каждого сайта, как это принято в случае с богатыми приложениями. Сначала это может показаться излишним, но это действительно хорошая система. И как только вы grok Renviron по сравнению с Renviron.site и dito для Rprofile, вы оцените согласованное поведение на разных платформах.

Ответ 2

Майкл, я тоже нашел эту тему немного запутанной. Я тоже на Mac. Я создал файл Rprofile, в котором есть все мои настройки. Здесь, как работает мой (я не думаю, что есть что-то особенное в моей настройке):

  • "Rprofile" входит в /Users/michael
  • "Rprofile" должен состоять из команд, которые R будет понимать (например, вы можете его исправить).
  • "Rprofile" должен быть вызван. Rprofile Ведущий период означает, что файл скрыт от обычной операционной системы. Вам нужно открыть окно терминала и сделать > ls -la, чтобы увидеть его (при условии, что вы cd к этому каталогу, если необходимо). Кроме того, вы увидите много других скрытых файлов. И это, вероятно, не существует, пока вы его не создадите, следующий шаг.
  • Я использую TextEdit для создания файла с именем R.txt и размещаю команды там (начинаем просто для тестирования).
  • Затем в окне терминала я печатаю > cp R.txt.Rprofile, который копирует видимый R.txt в невидимый .Rprofile. Вы можете проверить, выполнив > ls -la снова, чтобы увидеть его в списке каталогов.
  • Перезапустите R и проверьте, не сработало ли оно. Например, если вы поместите библиотеку (ggplot2) в свой файл R.txt, эта библиотека должна быть загружена при запуске. Если это не так, то команда из этой библиотеки не будет работать, например, qplot (x = 1:10, y = 1:10). Другие люди вводят команды вроде cat ("My.Rprofile работает! \N), который должен отображаться во время запуска.

HTH Bryan

Ответ 3

Если вы запустите getwd(), вы увидите свой каталог запуска R. На маке обычно /User/login_name Вот где я оставляю свой .RProfile, где я загружаю пользовательские функции, а также часто используемые пакеты.

Также см.: Полезные функции в R (чтобы добавить в свой .RProfile) и Пользователи Expert R, что в вашем .Rprofile?...