Сериализуемое, клонированное и использование памяти в Java

Я использую внутренний класс, который является подклассом HashMap. У меня есть String как ключ и double[] как значения. Я храню около 200 удвоений за double[]. Я должен использовать около 700 МБ для хранения ключей, указателей и парных. Тем не менее, анализ памяти показывает, что мне нужно намного больше (чуть больше 2 ГБ).

Используя TIJmp (инструмент профилирования), я увидел, что был char[], который использовал почти половину общей памяти. TIJmp сказал, что char[] пришел от Serializable и Cloneable. Значения в нем варьировались от списка шрифтов и путей по умолчанию к сообщениям и одиночным символам.

Каково точное поведение Serializable в JVM? Сохраняет ли он постоянную копию во все времена, удваивая размер моего объема памяти? Как я могу записать двоичные копии объекта во время выполнения, не превращая JVM в память?

PS: метод, в котором потребление памяти увеличивается больше всего, ниже. Файл имеет около 229 000 строк и 202 поля на строку.

public void readThetas(String filename) throws Exception
{
    long t1 = System.currentTimeMillis();
    documents = new HashMapX<String,double[]>(); //Document names to indices.
    Scanner s = new Scanner(new File(filename));
    int docIndex = 0;
    if (s.hasNextLine())
        System.out.println(s.nextLine()); // Consume useless first line :)
    while(s.hasNextLine())
    {
        String[] fields = s.nextLine().split("\\s+");
        String docName = fields[1];
        numTopics = fields.length/2-1;
        double[] thetas = new double[numTopics];
        for (int i=2;i<numTopics;i=i+2)
            thetas[Integer.valueOf(fields[i].trim())] = Double.valueOf(fields[i+1].trim());
        documents.put(docName,thetas);
        docIndex++;
        if (docIndex%10000==0)
            System.out.print("*"); //progress bar ;)
    }
    s.close();
    long t2 = System.currentTimeMillis();
    System.out.println("\nRead file in "+ (t2-t1) +" ms");
}

Oh!, а HashMapX - это внутренний класс, объявленный следующим образом:

public static class HashMapX< K, V> extends HashMap<K,V> {
    public V get(Object key, V altVal) {
        if (this.containsKey(key))
            return this.get(key);
        else
            return altVal;
    }
}