Если я запустил java-процесс в консоли cygwin, а затем запустил visualVm, то позже не увидим первого.
Если я запускаю тот же процесс в консоли Dos, visualvm видит, что это нормально. Я нахожусь в jdk1.6.0_25. Это происходит как в win7 32b, так и в win7 64b с 64-битным jvm.
Кто-нибудь может подумать об объяснении/обходном пути?