Вы можете внести изменения в этот связанный репозиторий, а затем обновить мастер-проект, чтобы посмотреть на новый коммит. Git глава книги о подмодулях должна объяснять вещи
Ответ 3
Из памяти Git не распознает пустые папки. У вас есть что-нибудь в этом роде? Если нет, добавьте README или что-то еще.